На рубеже XII столетия, на территории современной Тюрингии в районе города Лайнефельде-Ворбис и деревни Виницингероде, проходила пограничная территория между землями Франков и Саксов. Севернее нынешнего города Айхсфельда, в горах, появился небольшой пограничный пост, с появлением которого началась история замка Боденштайн.
Генрих I Птицелов из Саксонской династии, был первым хозяином крепости. После того, как породнились Салическая и Саксонская династии, замок перешел к Оттону Нортхеймскому. При Оттоне замок основательно перестроили и новый замок, из природного камня, стал форпостом Саксонской династии на севере Тюрингии. Замок Боденштайн, вместе с монастырем Беерен, прикрывал государство от набегов племен венгров.
Начиная с 1275 года, по 1327 год, замок переходил от одного хозяина к другому. От династии Вельфов к фон Хонштайнам и обратно. В конце концов, эти передачи из рук в руки прекратились и, начиная с 1327 года, династия Вельфов утвердила свое право собственности над замком Боденштайн.
В последующие десять лет, Вельфы основательно перестроили замок и построили в нем дворец – резиденцию своей династии. Замок перестраивали десять лет с помощью зажиточных помещиков и ремесленников.
Следующая волна переходов из рук в руки не замедлила. Замок переходил от хозяина к хозяину до 1448 года, пока окончательно не закрепился за дворянской династией Винцингероде.
С 1945 года замок стал летней дачей Евангелическо-лютеранской Церкви Германии. Сейчас в нем проводятся всевозможные конгрессы, семинары, конференции. Замок служит местом семейного отдыха.